Historie školní budovy a historie školy nejsou dva totožné termíny. Měřeno roky je budova přibližně dvakrát starší než škola, která dnes poskytuje základní vzdělání. Ke konci dvacátých let 20. století byla Blatná centrem jednoho ze soudních okresů Československé republiky. Aby bylo možné splnit požadavky, které z toho vyplývaly, bylo rozhodnuto postavit budovu, ve které bude sídlit okresní úřad. V letech 1928 a 1929 byl architektem ing. Zdeňkem Pštrossem vypracován projekt. V roce 1932 byla stavba dokončena a budově bylo přiděleno čp. 520. V témže roce zde zahájil činnost okresní úřad. Sdružoval 116 katastrálních obcí s celkovým počtem 47 až 52 tisíc obyvatel. V budově se nacházel také byt hejtmana, kancelářského zřízence a velitele četnické stanice. Kanceláře úředníků byly v dnešních třídách.
V období druhé světové války byla budova přestavěna na nemocnici. V prostoru bývalých šaten v suterénu byly márnice a pitevna, v učebně chemie se nalézala vyšetřovna a v současné knihovně operační sál. V prostoru tříd byly nemocniční pokoje. Po válce se do budovy opět vrátil okresní úřad. V bočním traktu budovy, kde dnes sídlí Městský úřad Blatná, bývaly postupně četnická stanice, cejchovní úřad, veřejná bezpečnost, mateřská škola, zemědělské učiliště, zvláštní škola a po jejím přestěhování část naší školy. Okresní úřad zde působil až do roku 1960, kdy v důsledku provedené správní reformy úřady tohoto typu zanikly. V dalším období zde byly umístěny učňovská zemědělská škola a střední zemědělská škola.
V tomto období začal stoupat počet školou povinných žáků, postupně byly rušeny venkovské školy. Když počet žáků v ZDŠ v Blatné přesáhl jeden tisíc, bylo zapotřebí vzniklou situaci řešit. Aby nebylo nutné přejít na směnný provoz, byl pro některé třídy zaveden pětidenní vyučovací týden (běžný vyučovací týden trval od pondělka do soboty). V praxi to znamenalo, že určený den v týdnu mělo několik tříd volno a v jejich učebnách se učily jiné ročníky. Tato situace přetrvávala až do roku 1967, kdy byla základní devítiletá škola rozdělena na dvě samostatné instituce – Základní devítiletou školu, tř. Rudé armády v Blatné a Základní devítiletou školu, nám. J. A. Komenského v Blatné.
Dnem zahájení výuky na naší škole bylo 4. září 1967. Ve škole byl zaveden jedenáctidenní vyučovací cyklus s jednou volnou sobotou za dva týdny. Odpolední vyučování bylo v úterý, ve čtvrtek a v pátek před volnou sobotou. Poprvé se děti ve škole stravovaly dne 1. listopadu 1967, kdy zahájila provoz školní kuchyně s jídelnou v suterénu školy a vařilo se zde více než 300 obědů. Postupně probíhala rekonstrukce budovy, renovovaly se učebny, budovaly záchody, opravovalo se ústřední topení, rozvod vody a elektřiny, proběhla rekonstrukce střechy. Tyto dílčí úpravy ale neodstranily všechny nedostatky. A tak v roce 1973 bylo přistoupeno k celkové rekonstrukci budovy - modernizace vodovodu, ústředního topení, elektroinstalace a stavební úpravy jednotlivých tříd. To si vyžádalo novou organizaci výuky. Některé třídy se učily v ZDŠ, nám. J.A.Komenského, některé v budově Svazarmu a zbylé ve vedlejším traktu budovy. Rekonstrukci se podařilo realizovat v průběhu jednoho roku a díky pomoci rodičů žáků, kteří na úklidu školy během července a srpna 1974 odpracovali 1700 hodin, bylo možné zahájit výuku 2. září 1974. Následně během září zahájila provoz modernizovaná kuchyně. Dalším velkým stavebním zásahem bylo vybudování knihovny ve druhém patře budovy v roce 1975.
7. března 1990 rozhodnutím MŠMT byl škole přiznán nový název Základní škola T. G. Masaryka v Blatné a následně byla na stěnu budovy připevněna pamětní deska s doplňujícím článkem Československé ústavy z roku 1930: „Tomáš Garrigue Masaryk – zasloužil se o stát“.
V roce 1992 po přemístění zvláštní školy byla druhá část budovy připojena k základní škole, a tak přibyly čtyři učebny, dvě herny školní družiny a kabinety. V roce 1994 byla provedena rekonstrukce ústředního topení z pevných paliv na plyn s instalací kotlů v prostorách půdy. Od 1. září téhož roku škola získala povolení na rozšířenou výuku cizích jazyků. Do jazykových tříd byli žáci vybíráni na základě výběrového řízení. Od 1. ledna 2001 rozhodnutím zřizovatele Města Blatná nabyla škola statut právního subjektu pod názvem Základní škola T. G. Masaryka Blatná, okr. Strakonice.
Jedním z nejhorších dnů v historii školy byl 13. srpen 2002. Tento den město Blatnou a tím i naši školu postihly rozsáhlé a zároveň i ničivé povodně způsobené protržením hrází několika rybníků v okolí Lnář a Bělčic. Způsobily obrovské materiální škody. V naší škole byly zatopeny prostory v suterénu, zcela zničena byla školní kuchyně a jídelna, sklady potravin, školní dvůr a garáže byly skryty pod vysokým nánosem bahna. Ve spolupráci s městem byla situace řešena okamžitě. Na odstraňování povodňových škod se podíleli zaměstnanci školy, rodiče, členové armády a další dobrovolníci. Díky tomuto úsilí byla výuka včas zahájena. Pomoc se scházela ze všech stran. Na obnovu školy přispěly finančními prostředky společnost Léčiva Praha, rádio Blaník, společnost Adra, společenské organizace, školy a další instituce. Celková částka přesáhla 3 miliony korun. Na podzim 2002 byly zahájeny a počátkem roku 2003 byly dokončeny práce na rekonstrukci sklepa, kde během několika měsíců vznikly nové šatny, žákovské dílny, dílna školníka a sklady. Největším problémem bylo stravování dětí. Zpočátku se děti stravovaly doma. Postupně se podařilo ve spolupráci s MěÚ Blatná a dalšími institucemi zajistit náhradní stravování v ZŠ nám. J.A. Komenského, Domově důchodců v Blatné a ve zvláštní škole. Slavnostním okamžikem se pak stalo otevření nové kuchyně, výdejny a jídelny v říjnu 2003, na které získalo město Blatná finanční prostředky z povodňových fondů. Prostory byly vybudovány na místě bývalých šaten a dvou učeben, kuchyně byla přistavěna směrem do zadního dvora.
V roce 2004 se uvolnil byt školníka, který byl přebudován na hernu jednoho z oddělení školní družiny. Zatím poslední stavební úpravy proběhly v průběhu července 2007, kdy byla provedena výměna oken v osmi učebnách, položeno v nich nové lino a třídy byly vymalovány. Zároveň byla položena nová střešní krytina na západní části budovy.
Za dobu své existence prožila škola celou řadu událostí. Svou prací se zapsala do podvědomí obyvatel Blatné a okolí. O tom, že dobře, svědčí výsledky, kterých škola a především její žáci dosahovali. Důkazem jsou výborná umístění v soutěžích různého zaměření, vystoupení žáků školy na veřejnosti a účast na mnoha akcích regionálního, národního či mezinárodního významu. Velký podíl na těchto výsledcích mají také pedagogičtí a provozní pracovníci, kteří ve škole působili a působí. Zde je na místě vzpomenout především na ty, kteří stáli v čele školy a řídili ji, a poděkovat jim za jejich práci.. Jsou to:
František Křemen - 4. 9. 1967 až 31. 1. 1971
Ludmila Šmejkalová - 1. 2. 1971 až 31.12. 1975
Marie Kozáková - 1. 1. 1976 až 28. 2. 1990
Zdeňka Gutwirthová - 1. 3. 1990 až 30. 6. 1992
Marie Šampalíková - 1. 7. 1992 až 30. 6. 2017
Zdenka Voříšková (od 2020 Dvořáková) - 1. 7. 2017 - dosud
